Sobre esta iglesia primitiva, el rey Sancho Ramírez ordenará construir la iglesia románica actual y el resto de dependencias del monasterio. El rey construyó este monasterio para panteón real. Desde el inicio lo dotó de grandes extensiones de terreno y beneficios. La iglesia románica fue bendecida el 4 de diciembre de 1094 por el obispo de Jaca en presencia del rey Pedro I, que terminó la obra de su padre.

La época dorada de San Juan de la Peña se alargaría hasta el reinado de Ramón Berenguer IV, conde de Barcelona, que ordenó construir el monasterio de Poblet, nuevo panteón real del Reino de Aragón, cuyo centro de poder se había desplazado definitivamente a Cataluña. Para comprender la construcción de un nuevo monasterio en la llamada pradera de San Indalecio apenas unos centenares de metros más arriba, hay que recordar el grave incendio desatado en 1675 en el recinto románico que lo dejará en lamentable estado. En 1682, los monjes abandonan el antiguo monasterio y se trasladan a lo que hoy conocemos como Monasterio Nuevo.

Panteón de Nobles

Al margen de los restos más antiguos del dormitorio comunal y la iglesia mozárabe, cuyas naves se unen por medio de arcos de herradura, y todavía hoy se distinguen perfectamente, destaca en el monasterio el llamado Panteón de Nobles, cubierto por la roca y adosado a la antigua sacristía (actual Panteón Real).
Los nichos presentan lápidas fechadas entre 1082 y 1325 con iconografía muy variada. Aparecen crismones y ajedrezados estrechamente vinculados con la Catedral de Jaca o con el llamado románico jaqués.

Claustro

La pieza más importante de San Juan de la Peña es sin duda, su claustro, que aunque muy modificado, conserva los capiteles originales. En la iconografía pueden seguirse los hitos principales de la historia de la humanidad a través del Antiguo y el Nuevo testamentos: “Adán y Eva”, “Caín y Abel”, “La Anunciación”, “La huida a Egipto”, “Las bodas de Caná”, “Jesús perdona a la mujer adúltera”, “Resurrección de Lázaro”, “La entrada en Jerusalén”, “La Última Cena” y “Jesús ante Pilatos”, entre otros. El ala oeste del claustro resultó tan dañada en el incendio del s.XVII que algunos de los capiteles no pueden ser interpretados. El ala este se destruyó por completo. De mediados del XII son la veintena de capiteles historiados esculpidos por el llamado Maestro de San Juan de la Peña.

Fue en San Juan de la Peña donde estuvo depositado el Santo Cáliz o Grial, que Cristo utilizó en la Última Cena. El papa Sixto lo entregó al diácono San Lorenzo, que lo hizo llegar a Huesca, donde permaneció hasta la invasión musulmana, cuando fue llevado a San Juan, hasta 1399 año en que Martín I “El Humano” envió a buscar la reliquia para llevarla a la Aljafería en Zaragoza. Alfonso V de Aragón envió el Grial a Valencia en 1424 y en su catedral se venera desde entonces”.

El Monasterio Nuevo

El conocido como Monasterio Alto de San Juan de la Peña (ss XVII y XVIII), dedicado a San Juan Bautista, se encuentra en la pradera de San Indalecio, a un kilómetro y medio del Monasterio Viejo.

Abandonado a mediados del siglo XIX, recientemente ha sido sometido a una profunda restauración para transformarlo en una hospedería y en la sede de dos centros de interpretación: el de San Juan de la Peña y el del Reino de Aragón.

El primero alberga los restos arqueológicos bajo un suelo transparente que permite su visión desde el aire y también mediante recorridos en los que, además, se recrean los usos que las dependencias tenían mientras se empleó el monasterio.

La iglesia barroca acoge el Centro de Interpretación del Reino de Aragón (CIRA). En dos espectaculares audiovisuales, proyectados en varias pantallas, se resume y explica la historia del Reino de Aragón y la creación de la Corona de Aragón. El centro aúna el rigor histórico y las nuevas tecnologías, para crear un sorpresivo recorrido de algo más de 30 minutos de duración. Entre ambos centros, se abre una gran galería claustral destinada a acoger grandes exposiciones, principalmente dedicadas al arte contemporáneo aragonés.

La sección Oeste, en el antiguo espacio dedicado al alojamiento de los monjes, se ha transformado en una hospedería perteneciente a la Red de Hospederías de Aragón. Tiene 25 habitaciones, restaurante, SPA y una sala multiusos.