Entre sus numerosos tesoros patrimoniales, el museo acoge una importante colección de pinturas murales del periodo románico y gótico que le convierten en una de las exposiciones del medievo más importantes a nivel mundial. Destaca la Sala Bagüés, considerada la Capilla Sixtina del románico por su belleza y valor incalculable.

Además de su función expositiva, el espacio realiza una importante labor didáctica mediante la organización de talleres infantiles, exposiciones, conferencias y cursos para adultos que se imparten en sus instalaciones.